Расскажите подробнее, какая версия программы, для какой платформы (Windows, Android, iOS), модель устройства и версия ОС, что с чем синхронизируется?
Не различается ли время на устройствах? Если время разное, то изменения на устройстве где время "убежало вперед" будут считаться более свежими, даже если фактически они были сделаны раньше.