Делюсь результатами исследований.
Начал сравнивать графики по этому счету помесячно с момента его создания. С "долгами" и "без долгов". Когда нашел первое различие, изучил список транзакций и нашел отличия. Отличавшаяся транзакция ранее относилась к долгу, но когда он был выплачен, я его удалил. И таких транзакций у меня много.
Из этого сделал предположение, что при удалении долга в базе данных удаляется только запись самого долга в таблице долгов. Но все транзакции, в которых была прописана ссылка на этот долг, обновлены не были, и продолжают хранить эту "мертвую" ссылку.
И действительно, когда я открыл транзакцию и пересохранил ее, после этого графики с "долгами" и "без" стали совпадать на данном отрезке времени.
Предлагаю учесть этот момент, и при построении отчетов (а также в других местах программы, где используется фильтр по долгам) учитывать этот момент, и не фильтровать транзакции с удаленными долгами.