Добрый день.
Через импорт в версии для Windows: главное меню - Инструменты - Импорт. Если два файла - это копии одной базы, то все данные объединятся. Если это два разных файла, то все счета и категории будут в двойном экземпляре, т.к. хоть и называются одинаково, но имеют разные идентификаторы.