В целом у вас не проблема, а вопрос =)
А по делу -
План бюджет вводится в первом же окне статьи бюджета "сумма" - в этом случае и образуется визуально перерасход или экономия по статье расхода. С помощью меток, проектов, контрагентов вы подтягиваете к этой статье все нужные расходы. Если вам отдельно нужно, например, посчитать зарплату кассирам, уборщицам и охране, то, как один из способов, вам и нужно делать три статьи расхода "зарплата" и по каждой делать фильтр по контрагентам.
Как я понял из скрина вы включаете контагентов в "члены семьи" - это не совсем верно. Сделайте в контрагентах пункт "физ.лица", подпункт "фирма" и в подпунктах группы работников фирмы. А далее хоть поименно.
Насчет категорий - они не связаны и это хорошо. Категории расхода - это категории расхода. например "зарплата работникам". А категории бюджета - это например "основные расходы","побочные расходы" с группировкой по месяцу, по кварталу. Оно для удобного сведения данных в бюджете и не нужно копировать одни и те же категории по вкладкам "транзакции", "проекты", "бюджет" и т.д.
Надеюсь помог.