Если файл лежит в iCloud, то это один файл. Не может быть так чтобы при просмотре на одном устройстве содержимое было одно, а на другом - другое. Очевидно что файлы разные, просто называются одинаково. Вот инструкция по совместной работе с одной базой данных: https://community.personalfinances.ru/knowledge-base/article/sync_ios
В большинстве случаев достаточно iCloud, Dropbox нужен только для синхронизации с Android.