Восстанавливая файл из резервной копии, имейте ввиду что все последние изменения есть в папке .sync (они там могут быть за довольно длительный период) и эти изменения подтянутся автоматически: все удалённые категории удалятся вновь. Нужно очистить эту папку на всех устройствах и в облаке. На телефоне это можно сделать только удалив базу данных.
Другой вариант - восстановить резервную копию под другим именем.