Если в смс есть номер счета или карты (обычно есть), то пропишите его в свойствах счета в программе: https://community.personalfinances.ru/knowledge-base/article/sms_recognition_android
Также для определенного типа смс можно назначить шаблон транзакции в котором прописать все параметры. По умолчанию транзакции будут попадать на первый счёт в списке.