Странно, понадобилось сменить аккаунт и создать новую базу, всё сделал как раньше, выставил пароль, отметил биометрическую аутентификацию, выставил блокировку по времени на 1 минуту. Выхожу из программы, выгружаю её из памяти телефона. Жду пять минут, захожу и он меня впускает в базу, не запрашивая ни пароль, ни отпечаток вообще. Вот если в боковом меню нажать снизу закрыть, то тогда работает вход по отпечатку.
UPD Переустановил заново из магазина гугла и вроде всё заработало.