Чеки и транзакции из смс попадают в раздел "Ожидают подтверждения", при разборе транзакций просто подтвердите чек и удалите копию из смс. Если это делать автоматически, то будут ошибки (придется ориентироваться только на дату и сумму, а этого мало для того чтобы однозначно сопоставить смс и чек).