Указывайте магазин в качестве конрагента или метки. Сравнить цены в разных магазинах и динамику цен можно в отчетах. Динамика (расходы), группировка по контрагентам и включить график с ценой. Используйте фильтры чтобы оставить только товар который хотите, например, отметьте нужные транзакции звездочкой.