Ну а от программы то Вы что хотите? Чтобы она диагностику сделала и нашла сбойный модуль? Или вирусы вычистила?
Файл пропадать не должен, но и программа здесь не при чем. Программа не пишет в файл все время, он лежит себе спокойно как и остальные файлы. Если компьютер завис точно в момент сохранения - ну не повезло, нужно восстановить базу из резервной копии. Хотя и тут нормальная система должна была откатить незавершенные файловые операции. У Вас случайно не Windows XP на диске FAT32?. А если база на флешке, то результат вполне ожидаем, файлы на флешку пишутся по мере возможности, а не сразу, так что если компьютер завис, то ничего и не запишется.
В общем нет ничего удивительного в пропаже данных после зависания компьютера. Настройте ежедневное резервное копирование (по-умолчанию стоит еженедельное).